Первое упоминание села Козино встречается в межевой грамоте 1518 г. В то время оно принадлежало князю Ивану Щетинину. Известно, что он в 1565 г. с группой родственников, служивших при царском дворе, был отправлен в ссылку в Казань. Потом оно принадлежало князю Ивану Дмитриевичу Бельскому, возглавлявшему боярскую думу, а после его смерти в 1570 г. вдова отдала имение в помин по его душе московскому Новодевичьему монастырю. В 1584 г. в монастырском имении отмечены деревянный храм Иоанна Златоуста, две деревни, одна из которых — Нефедьево дожила до наших дней, починок и 22 пустоши.
Более подробные сведения о селе сохранились в монастырской хозяйственной документации начала XVII в., из которой узнаем, что в Козине местные крестьяне были объединены в девять «вытей» (единиц обложения) и с них в 1602 г. в монастырскую казну поступило по 6 алтын с каждой выти. Помимо этого, собиралось «въезжее» — по 4 деньги с каждой выти. Последний вид налога показывает, что в этот период своего приказчика в селе не имелось, а деньги собирались во время приезда монастырского управляющего. По старинной традиции, крестьяне должны были «почтить» его каким-либо подарком — кто чем может. Это называлось «въезжим». Но крестьянские подношения были не слишком впечатляющими и позднее вместо них стали брать деньги.
Козино не было богатым селом, и в условиях разразившегося в начале XVII в. страшного трехлетнего голода совсем разорилось, да так, что монастырские власти вынуждены были дать здешним крестьянам временную льготу. «А в 111 (1603. — Авт.) году тех денег с крестьян не взято для их нужды», — читаем в хозяйственных документах монастырского архива.
За последующие двадцать лет о Козине сведений не сохранилось, хотя известно, что в период Смутного времени оно пострадало сравнительно мало. Описание 1623 г. застает здесь 18 крестьянских и 1 бобыльский двор с 19 жителями. Ко времени новой переписи 1646 г. село заметно разрослось — вместо прежней ветхой церкви был построен новый деревянный храм, также во имя Иоанна Златоуста, при котором отмечен двор попа Алексея, двое детей которого служили дьяконами. Появился монастырский двор, в котором отмечены 3 человека. Зафиксированы 17 крестьянских дворов, в которых проживали 39 человек.
Перепись 1678 г. отметила в Козине 7 крестьянских и 4 бобыльских двора. (38 и 9 человек) Обращает на себя внимание резкое уменьшение по сравнению с данными тридцатилетней давности числа крестьянских дворов при той же численности населения. Но относиться к этим данным надо весьма осторожно. Подобные изменения объясняются весьма прозаически — в это время государственные подати собирались именно с числа дворов, и поэтому крестьяне, стремясь уменьшить их выплату, не спешили делить свои семьи, а порой даже объединяли несколько дворов в один, обнося их общей оградой. Подобные крестьянские «хитрости» стали одной из причин того, что Петр I, остро нуждавшийся в деньгах, вынужден был перейти к подушному учету населения.
Понимали это и монастырские власти, проводившие собственные досмотры своих имений. В подобном документе 1681 г. встречаем деталь, характеризующую географическое положение села: «А то село Козино на большой Осиповской дороге, а от Москвы до того села 25 верст». Упомянутая дорога вела из Москвы в богатейший Иосифо-Волоколамский монастырь и во многом содействовала дальнейшему развитию крестьянского хозяйства за счет обслуживания проезжавших по ней путников и богомольцев. Все это в итоге приводило к росту населения и перепись 1704 г. зафиксировала в селе Козино вместе с деревней Нефедьево 28 крестьянских и бобыльских дворов, в которых значились 122 человека.
Следующим этапом в жизни села стала секуляризация монастырских владений в середине XVIII в. Составленная в это время поручиком Михаилом Иевлевым опись монастырского имения дает довольно подробные данные о повинностях местных крестьян. Денежные сборы были невелики: обычно с крестьян села Козино и деревни Нефедьево «собиралось со всей вотчины оброчных денег 2 рубли 20 копеек, плотнических 43 копейки». Основную же массу составляли натуральные сборы: «Окладного хлеба 4,5 четверика. Овса тоже. Столовых запасов: масла коровья пуд 5 фунтов, хмеля тож, яиц 900, грибов 2 четверти 2 четверика, груздей 18 ведр, меду 4 пуда 20 фунтов. Конюшенных припасов: веников 450 гнезд, сенных покосов 343 копны». Помимо этого крестьяне вспахивали 15 десятин монастырской пашни. Правда монастырским властям собирать «столовые запасы» было довольно обременительно — легче было купить их в Москве, и поэтому данный сбор к середине XVIII в. был заменен 20 рублями денежного оклада (РГАДА. Ф. 290, оп. 3, е.х. 380).
Довольно подробно опись рассказывает о находившемся в селе монастырском хозяйстве: «В том селе для приезду властей две кельи. Крыты дранью, промеж их сени, в длину 7,5, поперег 3 сажени. Позади оных келей имеется сад, в коем древа яблони — в длину 51, поперег 51 сажени. Имеется скотной двор, на нем строения: дворникова изба с коморкою и сени, во оных сенях клетка. Подле оных 2 омшанника (утепленная мхом изба для зимнего хранения пчелиных ульев. — Авт.), 2 сарая, 2 денника; оное строение крыто соломою и состоит вокруг оного двора под одной крышкою. Под ним земли (в длину) 15, поперешнику 14 сажен. На оном дворе лошадей 3, коров дойных 4, молодых телок 10, бык 1, овец 24, ягнят 15. Три житницы крыты дранью, в длину 6,5, поперег 3 сажени. В том селе в казенных житницах имеется ржи 20, ячменя 10, овса 20 четвертей».
Обитель не держала в селе постоянного приказчика или надсмотрщика, ее хозяйство обслуживалось крестьянами в порядке очередности: «Для всяких монастырских работ имеются годовых работников 4 человека, а цену состоят каждой на год по 16 рублев, итого 64 рубли». Так же расписаны их работы, связанные с выездом из села непосредственно в монастырь и на рыбную ловлю в озере Глухая Яма в пойме Москвы-реки около деревни Глухово, пожалованном в пользование монастырю: «В оной монастырь высылается работников, а именно: под означенным монастырем строили сарай 6 человек, которые жили 4 недели, в цену состоят в 7 рублей. Для колки льда езжало по 6 подвод, кои живали по две недели... да пеши по 10 человек по два дни... итого 15 рублев. Для возения капусты по 5 лошадей, которые имелись по две недели. Итого 10 рублев. Для рубки в монастыре капусты в сентябре баб 10 человек на 2 недели (цена не указана. — Авт.). Хаживано из Московского уезду под деревню Глухову для рыбной ловли по 4 человека, которые живали по 10 недель... итого б рублев. Езжали в означенный монастырь всяких разных подвод по 300 (по 20 коп). Итого 60 рублев. Монастырская пашня всем исправлением крестьянским коштует и каждая в дву полях десятина по 3 рубли в поле. Итого 90 рублей. Сенной покос имеются 200 копен по 25 копеек, итого 45 рублев». Помимо этого, для конюшенных припасов необходимо было заготавливать «оглобель санных по 5 возов, метел по 5 возов, вязков по 3 воза, да дров возили по 25 сажен».
Вместе с тем из данного документа выясняется, что положение Козинских крестьян было не самым худшим среди вотчин Новодевичьего монастыря. Ряд податей, скрупулезно перечисленных в описи, с них не собирался: «Окладных денежных доходов не збирали. Оброчных денег за пустоши не платят. Накладных — с садов, огородов, за проданной скот и прочих — не собирали. Отдатошных в оброк земель не имеется. На приказные и мирские расходы ничего же не сходит. Экономических и камер-коллежских не сходит». Однако, как пережиток чрезвычайно древнего времени, оставались «выводные деньги» (в XIV — XV вв. эта подать известна под именем «выводной куницы») — плата в пользу феодала за выдачу женщин в замужество за пределы вотчины: «Выводные денги за баб и девок збирались не по равному числу, рубли по 3 и по 5 в означенный монастырь в казну».
После секуляризации монастырских владений козинские крестьяне перешли в ведение Коллегии экономии. Пашня давала низкие урожаи, и главным богатством крестьян стали обширные лесные угодья. Именно здесь зародился в начале XIX в. мебельный промысел, который в дальнейшем охватил десятки сел и деревень Московского и Звенигородского уездов. Сначала делали простые «белые» стулья, а в 1807 г. местный крестьянин Уточкин успешно освоил резьбу по дереву. Многие крестьяне из разных селений поступали к нему в ученики, кто по своему желанию, кто по приказу помещиков. Развитию промысла способствовало восстановление Москвы после пожара 1812 г. Строились и обустраивались новые дома и усадьбы, потребность на мебель росла и многие столяры становились искусными краснодеревщиками, поставлявшими свои изделия в лучшие магазины столицы. В начале 1860-х годов на 60 дворов с 205 жителями в селе приходилось 33 мебельных мастерских, в которых использовался труд 85 наемных работников, ежегодно выпускавших продукцию на 22 тыс. рублей.
К 1899 г. в селе Козино уже числились 308 жителей мужского и 326 женского пола, отмечены 64 посторонних человека. Промыслами занимались почти поголовно все взрослые и многие подростки — 193 мужчины были столярами, изготовителями узорных переплетов для мебели, мелкими торговцами, 221 женщина вязала на продажу пуховые чулки. Не было забыто и знакомое издавна пчеловодство, которым занимались три семьи. В селе действовали 6 торговых и 12 промысловых заведений. Местные промыслы продолжали развиваться и в первые послереволюционные годы.
Перепись 1926 г. отметила в селе 820 человек, школу I ступени. Имелись трудовая вязальная артель, артель столяров-мебельщиков.
В начале декабря 1941 г. село оказалось во фронтовой полосе. 3 декабря фашистские танки с автоматчиками на броне прорвались к селу Козино. Командир полка Суханов, находившийся на наблюдательном пункте в здании церкви Иоанна Златоуста, вызвал артиллерийский огонь на себя, чтобы остановить фашистов. На широком поле разгорелся ожесточенный бой с участием танков, артиллерии, прибывших на помощь подразделений соседних воинских частей, и враг был отброшен. С этого рубежа 5 декабря 1941 года началось наступление Красной Армии, похоронившее надежды гитлеровского командования на захват Москвы.
Война принесла большой ущерб и разрушения. В 1951 г. в селе Козино в 167 хозяйствах числились 217 мужчин и 367 женщин. В 1965 г. Козино вошло в состав совхоза «Ильинское-Усово». В селе была создана крупная молочно-товарная ферма, которая стала гордостью совхоза. В начале 1990-х годов здесь содержалось 1500 коров, дававших высокие удои молока. Для рабочих совхоза был построен большой жилой поселок из 2-4 этажных домов. По данным переписи 1989 г. здесь значились 201 хозяйство и 499 жителей. Однако в годы, последовавшие после перестройки, хозяйство совхоза «Ильинское-Усово» стало клониться к упадку. На смену садовым участкам стали приходить целые кварталы коттеджной застройки. Сокращалась, а затем прекратилась обработка полей. Высокопродуктивный молочный скот продавался в другие хозяйства, удаленные от Москвы, и в конце концов закрылась и молочно-товарная ферма в Козине.
Не дожила до нашего времени и каменная церковь Иоанна Златоуста, ставшая местом героического подвига в дни обороны Москвы. Еще в конце 1950-х гг. ее здание было разобрано на основании решения Президиума Мособлисполкома от 8 июля 1958 г. В последние годы деятельность церковной общины возобновилась. Несколько лет служба проводилась в специально приспособленном вагончике. В 2002 г. построили деревянное здание церковного типа, где проводит службу молодой и активный настоятель Иоанно-Златоустовской церкви Иоанн Безруков. И он, и жители села надеются, что это помещение временное, впредь до восстановления храма. Тем более, что теперь эта местность вошла в подчинение вновь образованного города Нахабино, и население ее будет прирастать год от года.